Hasta la aparición de esta obra ya había muchas otras escritas sobre el Nuevo Mundo y las Indias Occidentales, pero todas ellas trataban los temas de la naturaleza de aquellas tierras y de sus habitantes de una manera más o menos superficial. José de Acosta, en cambio, profundiza sobre las causas y razones de los hechos que allí acontecieron. Hablar sobre los hechos y la historia propia de los indígenas requería tratar y hablar con sus protagonistas; y esto fue lo que hizo el autor de esta obra. Se trata de un estudio que abarca tanto temas de la naturaleza como de los hechos y costumbres de aquellos hombres.
En los dos primeros libros el contenido gira en torno a la naturaleza en aquel nuevo mundo; los dos siguientes tratan sobre los metales, las plantas y animales que allí se pueden encontrar; y los tres restantes libros sobre los ritos, costumbres, gobierno, guerras y sucesos de los Indios.